大曲的质量好坏，主要决定于曲坏入室后的培菌管理，特别是入房后的前几天，如管理不当，以后很难挽救。
因此必须注意观察，掌握好翻曲时间，适时调节曲室温度、混度和更换曲室空气，从而控制曲还的升温，为各种微生物的生长繁殖与代谢提供良好的条件。
大曲的制作工艺不同，其大曲的培菌管理亦各不相同。
但无论何种大曲，其培养过程的管理大致可分为如下四个阶段：
①、低温培菌期
一般为3~5天，在此期间品温控制在30~40℃，相对湿度控制在90%。
培菌期的主要目的是让霉菌、酵母菌等大量生长繁殖，为大曲多功能发酵体系的形成打好基础。
控制方法有取下覆盖物、关启门窗和翻去等；
②、高温转化期间
一般需要5~7天，在此期间根据制造不同大曲的特点控制曲坯的品温（45~65℃），相对湿度应大于90%。
在转化期：
一方面菌体生长逐渐停止，产孢菌群则以孢子形式休眠下来；
另一方面曲坯中各种微生物所形成的丰富酶系因温度升高后开始活跃，利用原料中的养料形成酒体香味的前体物质。
由于不同酶系的最适作用温度不同，因此在此阶段控制不同的温度将会形成不同香味或香味前体物质，并为大曲酒的香型和风格特点打下基础（转化期的主要控制手段是开门窗排潮）。
③、后火生香期
一般需9~12天，在此期间品温控制一般低于45℃，相对湿度小于80%。
后火期的主要作用是“促进曲心多余水分挥发和香味物质的呈现”。
所谓后火生香并不是在此时期内生成大量香味物质，而是要逐渐终止生化反应，使高温转化期形成的大量香味物质呈现出来，否则有可能得而复失，丧失大曲的典型风格。
后火期的管理也是根据不同香型大曲的特点来确定的，但不管怎样，后火不可过小，否则曲心水分挥发不出，会导致软心，影响成曲质量（后火期的主要操作有保温、垒堆等）。
④、打拢
打拢即将曲块转过来集中而不留距离，并保持常温。
在此期间只需注意曲堆尽量不要受外界气温干扰即可，经15~30天的存放后，曲块即可入库贮存。